Ученые грызут ‘большие данные’, чтобы создать новый каталог генов водителя рака

Автор: | Ноябрь 29, 2019

К далее нашему пониманию рака и развивают лучшее лечение, ученые добывают богатство генетических данныхтеперь доступный, чтобы идентифицировать – от генов, характеризующих рак – определенная субпопуляция, ведущая развитие опухоли.Теперь, новое исследование показывает, как одна группа идентифицировала более чем 100 новые такие водители рака.Один из белка связывает с помощью интерфейса найденных исследователей, был в этом известном гене рака, EGFR.

Красные пятна выдвигают на первый план мутации, разрушающие внутреннюю поверхность белкового белка.Кредит изображения: Godzik/SBPИсследование, во главе с Сэнфордом Бернэмом Пребисом Медицинский Институт Открытия (SBP) в Ла-Хойе, Калифорния, издается в журнале

PLOS вычислительная биология.Каждый тип рака связан со многими генными мутациями, из которых только субпопуляция фактически ответственна завождение опухоли.

Растущая область исследований рака теперь вовлечена в просеивание через богатство данных, произведенных крупной опухольюупорядочивание исследований, чтобы отделить «пассажирские» мутации от мутаций «водителя», чтобы увеличить наше пониманиеиз рака и улучшают лечение для болезни.В этой области существует область, не хорошо понятая, и это – роль генных мутаций на так называемом«белок-белковое взаимодействие» (PPI) связывает с помощью интерфейса как водители рака.Белки являются важными молекулами, выполняющими различные процессы внутри и между клетками, главным образом путем соединения с другимбелки.

Путем белки взаимодействуют – их внутренние поверхности PPI – считают жизненной функцией и чем-либо, что вызывает их кдисфункция – такая как генные мутации – может привести к болезням как рак.Для нового исследования команда использовала мутацию рака и белковые базы данных структуры, чтобы идентифицировать мутации в пациентеопухоли, изменяющие нормальные внутренние поверхности PPI.Победите автора Эдуарда Порта-Пардо, постдокторант в SBP говорит, что их исследование является первым, чтобы использовать трехмерный белокособенности, такие как PPIs, чтобы идентифицировать гены водителя через большие наборы данных рака.

Он суммирует результаты исследования:«Мы нашли 71 внутреннюю поверхность в белках ранее непризнанной как водители рака, представив потенциально новый прогнозирующий ракмаркеры и/или цели лекарственного средства. Наш анализ также идентифицировал несколько внутренних поверхностей водителя в известных генах рака, таких как TP53, HRAS,PI3KCA и EGFR, доказывая, что наш метод может найти соответствующие гены водителя рака и что альтерации белковых внутренних поверхностей являются aобщий патогенный механизм рака."Альтерации внутренних поверхностей PPI обогащены в мутациях рака

Чтобы грызть данные, исследователи использовали расширенную версию электронного водителя, алгоритм, развитый в SBP для идентификациибелковые области тот рак двигателя.Команда объединила данные об опухоли почти от 6 000 пациентов в Атласе Генома Рака и более чем 18 000 трехмерных белковых структур от Белкового Банка данных.

Авторы говорят, что исследование показывает что, «рассматривая белки как многофункциональные фабрики вместо монолитных черных ящиков»,возможно идентифицировать новые гены водителя рака и предложить молекулярные объяснения почему пациенты с тем же водителемгены могут иметь различные результаты или ответить по-другому на лечение.Ведущий автор доктор Адам Годзик, директор Биоинформатики и Структурной Программы Биологии в SBP, объясняет, как они использовалиэлектронный водитель, чтобы обработать огромный набор данных:«Алгоритм анализирует, обогащены ли структурные альтерации внутренних поверхностей PPI в мутациях рака, и может поэтомуидентифицируйте гены водителя кандидата."Он завершает с другим ключевым признаком:«Интересно, мы идентифицировали некоторых потенциальных водителей рака, вовлеченных в иммунную систему. Свыращивая оценку важности иммунной системы в развитии рака, гены иммунитета мы идентифицировали в этомисследование обеспечивает новое понимание, относительно которого могут быть больше всего затронуты взаимодействия."

Учитывая их размер, слоны должны быть очень восприимчивы к раку, но они редко заболевают болезнью. Медицинские НовостиСегодня недавно сообщенный исследование во главе с университетом Медицинской школы Юты, предлагающей некоторые новые подсказки о механизмах позади устойчивости слонов к раку.

Сочиняя в ДЛИННОЙ ХЛОПЧАТОБУМАЖНОЙ ОДЕЖДЕ, исследователяхпредположите, что информация может также пролить свет на устойчивость рака у людей.


Добавить комментарий