Атлас мозга Аллена, полногеномная карта мозга мыши в Интернете, был провозглашен «Google мозга.В атласе теперь есть компаньон, или рабочие молекулы мозга, своего рода всплывающая книга белков или протеомная карта, которые экспрессируют эти гены.
По словам Ричарда Д. Смит, сотрудник Battelle в Тихоокеанской северо-западной национальной лаборатории Министерства энергетики, который вместе с Десмондом Смитом из Медицинской школы Дэвида Геффена Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе руководил работой по картированию.
«Белки – главные действующие лица, самая важная часть картины», – сказал Смит из PNNL. «Это молекулы, которые выполняют работу клеток.”
Точная настройка таких протеомных карт позволит сравнивать здоровый мозг с другими, чьи белковые портреты выглядят иначе. Различия в расположении и количестве белков могут указывать на самые ранние выявляемые стадии болезни Альцгеймера, Паркинсона и других неврологических заболеваний. Они надеются, что такие болезни можно будет обуздать, если их вовремя поймать и лечить.
Исследование, финансируемое Национальными институтами здравоохранения, проведенное в Лаборатории молекулярных наук об окружающей среде Министерства энергетики на территории кампуса PNNL, опубликовано в предварительном онлайн-выпуске Genome Research и опубликовано в текущем выпуске журнала Nature Online Neuroscience Gateway (http: // www.Brainatlas.org). Сотрудники ПННБ Владислав А. Петюк, Вэй-Цзюнь Цянь и Марк Чин из Калифорнийского университета в Лос-Анджелесе – соавторы.
Чтобы создать карту, команда охарактеризовала срезы центрального мозга как несколько десятков 1-миллиметровых кубов или «вокселей», чтобы «показать нам, где белки появляются в мозгу и где их количество различается», – сказал Смит из PNNL. «Мы пометили все белки, чтобы иметь ориентиры, чтобы знать, что мы смотрим на один и тот же белок в разных частях мозга и от одной мыши к другой.”
До сих пор протеомика, использующая специально модифицированный инструмент, называемый масс-спектрометром, для идентификации белков и их подсчета, была сродни полету вслепую над озером белков. Обилие и тип белка можно определить по заданному образцу, но «знание их местоположения и того, как численность меняется в разных случаях, важно для понимания того, что они делают», – сказал Смит из PNNL.
Он сказал, что вариации в геномном материале в разрезе, особенно в матричной РНК, из Атласа мозга Аллена должны быть похожи на наблюдаемый протеом. Оказалось, что это так, что помогло подтвердить новые измерения.
«Атлас мозга Аллена не сообщает вам, какие гены производят белки и сколько из них», – сказал он. Объединив воксельную карту с протеомикой, исследователи смогли получить «количественную информацию о примерно 1200 различных белках».”
Источник: Тихоокеанская северо-западная национальная лаборатория