Геном даже одного организма является полнотой данных. Новый доклад, добавляющий к недавним успехам в упорядочивании способности, теперь показывает полные геномы 17 различных штаммов мышей, создавая непревзойденный генетический каталог, который поможет расследованиям, варьирующимся от человеческой болезни до развития.
В проблеме 14 сентября журнала Nature международная команда следователей, включая университет генетика Висконсина-Мадисона Брета Пейсеура, описывает упорядочивание генома и сравнение 17 штаммов мыши, включая многие самые частые лабораторные штаммы и четыре штамма, недавно скопированные с диких мышей. База данных, которая является самой большой для любого позвоночного организма модели, делает запись диапазона наследственной изменчивости между штаммами мышей и его эффектов на фенотипы и регуляцию генов.Payseur, адъюнкт-профессор медицинской генетики в медицинской школе Висконсинского университета в Мадисоне и Здравоохранении объясняют:«Мыши являются главным организмом модели для человеческой болезни.
Мы сделали много успехов понимания генетики общих человеческих болезней путем изучения мышей. Несмотря на то, что мы были в состоянии картировать геномные области, способствующие риску заболевания, мы не знали полный спектр включенных мутаций.
Новое генетическое резюме поможет исследователям более быстро счесть субпопуляцию различий в последовательности ответственной за болезнь и другие знаки."Новый отчет идентифицирует мутации, связанные с более чем 700 биологическими чертами, включая диабет и болезнь сердца.
Дэвид Адамс от Института Wellcome Trust Sanger, приведший проект, сказал:«Мы живем в эру, где у нас есть тысячи генома человека в наших кончиках пальцев. Мышь и последовательности генома, которые мы генерировали, будут играть решающую роль в понимании того, как наследственная изменчивость способствует болезни и приведет нас к новым методам лечения».А также продвигая использование мышей как модель для человеческой болезни, Пэзер объясняет, что это также продвигает расследования развития, которое является его главным интересом.
Он спрашивает: «Мы интересовались историей мышей – как мыши развивали и становились таким важным организмом для исследования?»Вместе с Майклом Вайтом, они исследовали эволюционную историю лабораторной мыши при помощи последовательностей от четырех дико-производных штаммов мыши, включавших 3 общих подвида домовых мышей и более дальнего родственника.
Вместе эти штаммы представляют несколько миллионов лет развития, обеспечивая возможность изучить процессы, ведущие генетическое и фенотипическое изменение.Они обнаружили, что геномы мышей не отражали единственную эволюционную историю. Вместо этого различные части генома показали структуры различия того, чтобы быть связанным. Для 3 диких подвидов домовой мыши в этом расследовании они обнаружили, что почти 40% последовательности поддержали одно эволюционное отношение, еще 30% поддержали другое отношение, и 30%, остающихся от ДНК, указали третье отношение.
Пэзер говорит:«Сложность, раскрытая здесь, должна служить назидательной историей для исследований эволюционных отношений между организмами, часто делавшими выводы на основе один или несколько генов. Если Вы смотрите на тесно связанные разновидности, не ожидайте выводить историю разновидностей только путем рассмотрения ряда областей. Вы действительно должны посмотреть на большую фракцию целого генома».
Цель Пэзера состоит в том, чтобы провести подобные экспертизы других упорядоченных лабораторных штаммов, чтобы начать заполнять огромные промежутки, который в настоящее время существует в родословных мыши лаборатории. Понимание развития поможет обеспечить критический генетический контекст для расследований мыши больного человека и помочь другим следователям решить, какое напряжение является самым адекватным их вопросам об исследовании.Этот проект был поддержан Советом по медицинским исследованиям, Великобритания., и Wellcome Trust.
Исследование Пэзера было поддержано американским Национальным научным фондом.